本校依「中山醫學大學內部控制委員會設置辦法」設有內部控制委員會來執行內部控制作業,內部控制之作業程序則依據「中山醫學大學內部控制制度實施辦法」執行之,各單位之工作項目之作業程序及控制重點如中山醫學大學第十三版內部控制手冊。